Durante la llamada República Liberal (1871-1891) el Parlamento experimentó varios cambios que ayudaron a consolidar su funcionamiento posterior. En la administración de Federico Errázuriz Zañartu se produjeron algunas modificaciones sustanciales que se mantendrían por lo menos, hasta la promulgación de la Constitución de 1925. El 25 de septiembre de 1873 se estableció que el Senado requería un tercio de sus integrantes para poder sesionar; en tanto, la Cámara de Diputados, la cuarta parte de sus miembros. En 1874 se publicaron dos iniciativas legales de trascendencia: el 13 de agosto se determinó que el cargo de diputado era incompatible con la labor de intendente, cura párroco, o juez de primera instancia y se redujo, el período senatorial de nueve a seis años. Mientras que, el 24 de octubre se resolvió el mecanismo para que el Congreso pudiera acusar constitucionalmente o llevar adelante un juicio político en contra de ministros de Estado.
En la presidencia de Domingo Santa María se promulgó el 12 de enero de 1882 la ley que ampliaba las facultades del Congreso para hacer reformas a la Constitución, lo que significó que el Presidente ya no podía vetar esta propuesta cuando emanaba del Parlamento.
Los roces entre el Poder Legislativo y el Ejecutivo se intensificaron en el gobierno de José Manuel Balmaceda. El 9 de agosto de 1888 la Cámara de Diputados dictaminó que dicho organismo estaría compuesto por miembros que representaban a unidades del territorio nacional con una población que no excedía de los treinta mil habitantes y no fuera inferior a quince mil personas. Además, se estableció un sistema de elecciones complementarias para remplazar a los diputados titulares.
Ante la negativa del Congreso de aprobar la propuesta sobre el financiamiento de las leyes periódicas que fijaban las fuerzas de mar y tierra y la Ley de Presupuesto de gastos públicos presentada por el Ejecutivo, el presidente Balmaceda determinó el 7 de enero de 1891, que regiría el presupuesto del año anterior, lo que significaba de hecho, que el Presidente se excedía en sus atribuciones y se colocaba al margen de la ley. El Parlamento declaró que aquella medida era inconstitucional. Fue la gota que rebalsó el vaso entre la serie de desencuentros por el carácter hacedor, pero autoritario de Balmaceda y un Congreso que era hostil al primer mandatario.
Los partidos de oposición al gobierno presentaron el “Manifiesto de los Representantes del Congreso a bordo de la Escuadra” lo que se interpretó como apoyo de esta rama castrense a la posición del Parlamento. Aunque las acciones militares habían comenzado a comienzos de enero, Balmaceda ordenó la clausura del Congreso Nacional el 11 de febrero de 1891, lo que produjo el quiebre institucional que llevó a la Guerra Civil, que duró cerca de ocho meses, con una cantidad estimada de víctimas fatales, superior a las cuatro mil personas.
Durante el conflicto el Congreso contó con el apoyo de casi toda la Armada, a excepción de dos buques lanzatorpedos y un vapor auxiliar. El gobierno tuvo en las cuatro principales divisiones regulares del Ejército, a su principal aliado pero cayó derrotado en las batallas de Concón y Placilla, lo que apresuró la renuncia a su cargo de primer mandatario del presidente Balmaceda, quien entregó el 29 de agosto el mando del país al general Manuel Baquedano, un militar que procedió a terminar el período de gobierno que expiraba el 18 de septiembre. Al día siguiente, Balmaceda, que se hallaba asilado en la legación argentina, procedió a quitarse la vida.
Con el triunfo de las fuerzas leales al Congreso, comenzaba la época parlamentaria que se extendió hasta el primer cuarto del siglo XX. Los gobiernos de Jorge Montt Álvarez (1891-1896); Federico Errázuriz Echaurren (1896-1901); Germán Riesco Errázuriz (1901-1906); Pedro Montt Montt (1906-1910); Ramón Barros Luco (1910-1915); Juan Luis Sanfuentes Andonaegui (1915-1920) y Arturo Alessandri Palma (1920-1925) vieron atenuadas sus posibilidades de gestión, ante un Parlamento que podía interpelar a los miembros del Ejecutivo sin consulta previa al Presidente.
Una característica de aquellas administraciones fue la rotativa ministerial, por cuanto, los siete gobiernos descritos tuvieron en promedio, quince gabinetes. Otro punto que causaba resquemor fue la aplicación de la ley de comuna autónoma en 1891, que permitió establecer los nuevos municipios y que estos dependieran de los partidos políticos, los cuales, podían intervenir en los padrones electorales, una práctica que fomentaba el cohecho y el fraude.
En contraparte, el sistema parlamentario generó muchas utilidades a las grandes compañías y monopolios extranjeros que explotaban las principales riquezas chilenas, lo que provocó una enorme desigualdad social. A lo largo de todo Chile, obreros y artesanos se organizaron en mutuales, centros de resistencia y organizaciones que exigieron cambios estructurales en las relaciones laborales, entre los empresarios y los trabajadores.
El descontento social se expresó en diversas huelgas con el trágico saldo de miles de muertos (Escuela Santa María de Iquique por ejemplo, el 21 de diciembre de 1907).
Así se llegó al 4 de septiembre de 1924 en que un sector de la oficialidad del ejército protestó haciendo sonar sus sables en el Congreso por los bajos salarios percibidos, en momentos en que se debatía sobre la fijación de una dieta para los parlamentarios.
Cuatro días más tarde, ante el temor de una asonada militar a gran escala, el Congreso publicaba al unísono, cinco leyes fundamentales: de contrato de trabajo, de indemnización por accidentes de trabajo y enfermedades profesionales; de juntas de conciliación y de tribunales australes, (derecho a huelga); de organización sindical y del seguro obligatorio de enfermedad, invalidez, vejez y muerte.
